Dilahirkan di kalangan bangsawan di Sumatera di bandar Medan, latar belakang kaya Amir dan keupayaan intelektual yang luar biasa membolehkannya memasuki sekolah paling elit; beliau berpendidikan di Haarlem dan Leiden di Belanda sebelum mendapat ijazah undang-undang di Batavia (sekarang Jakarta).[1] Semasa beliau di Belanda, beliau mengkaji falsafah Timur dan Barat di bawah bimbingan Persatuan Teosofikal.[1] Amir ditukar daripada Islam kepada Kristian pada tahun 1931.[1] Terdapat bukti khutbah yang disampaikan atas permintaan mereka, gereja Protestan yang terbesar di Batak Batavia.